棉籽壳作为食用菌培养基的原料，可作为沼气的原料，是国内外利用范围广的的农副产品的下脚料。具备栽培简单，适应性广，等优势。

适用的食用菌产品有平菇，香菇，木耳，金针蘑，银耳，灵芝等。低蛋白，低水分。

棉籽壳行内通常分为大、中、小壳或以棉绒量大小而分为大绒壳、中绒壳、小绒壳、绒极少的甚至称为“铁壳”。含绒量的取决于原料棉籽脱短绒时而定，如棉短绒行情价高畅销，厂商便会尽量多削去短绒。食用菌栽培中棉壳的大小就产量而言没有太大的差别。因为很多油厂产出大壳后加以粉碎便成了小壳以适应栽培要求。主要反映在食用菌栽培过程中会有装袋密度大小的技术性要求：小壳装袋密度太大会出现发菌通气不良；而大壳装袋时亦易使栽培袋破损。

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平菇：平菇栽培多以棉子壳、玉米心等为主要原料。以棉子壳为例，基本配方为：棉子壳250千克，过磷酸钙5千克，石膏粉4千克，尿素0.7千克，三维精素（拌料型）1袋。建有沼气池的农户，可在配方中加入沼渣50～100千克。杂菌基数较高时，应加入石灰粉4～5千克。
　　香菇：选用硬质树种的木屑，并采用"香菇专用添加剂"调配基料，使之营养平衡，菌丝充分后熟，并转色良好。香菇生产，多以木屑原料为主，基本配方为：阔叶木屑2000千克，麦麸200千克，玉米粉100千克，过磷酸钙100千克，尿素6千克，石灰粉20千克，石膏粉200千克，香菇专用添加剂1000克（1/2000比例）。
双孢菇：一般使用麦草、稻草、牛粪为主要原料进行栽培，每平方米产5～15千克，高者可达20千克，生物效率达50%，生产效益可观。栽培基本配方：麦草（或稻草）4000千克，牛粪粉2000千克，过磷酸钙100千克，尿素80千克，棉子饼60千克，石灰粉100千克，石膏粉80千克，碳酸钙100千克，菇病消40袋，食用菌三维营养精素（拌料型）16袋。建有沼气池的农户，可在配方中加入沼渣1000千克。
金针菇：多采用棉子壳、木屑等原料，也可采用酒糟、农作物秸秆等。基本配方：棉子壳200千克，麦麸50千克，过磷酸钙5千克，石膏粉3千克，尿素0.6千克，蔗糖1.5千克，三维精素（拌料型）1袋。有条件时可加入沼渣50千克。杂菌基数较高时，应加入石灰粉4～5千克。不得使用多菌灵、硫菌灵等药物。
鸡腿菇：鸡腿菇栽培，棉子壳、玉米心以及酒糟、糠醛渣等均可作为原料，基本配方：棉子壳250千克，石灰粉4千克，石膏粉3千克，过磷酸钙5千克，尿素0.8千克，菇病消5袋，食用菌三维营养精素（拌料型）1袋。
　　白灵菇：一般可使用棉子壳、杂木屑等作为主料，辅以麦麸等。基本配方：棉子壳225千克，玉米粉或麦麸25千克，石膏粉2千克，石灰粉2千克，过磷酸钙5千克，尿素0.5千克，保成功3袋，食用菌三维营养精素1袋。
杏鲍菇：基本配方：棉子壳200千克，木屑30千克，麦麸20千克，豆饼2千克，过磷酸钙5千克，轻质碳酸钙、石膏粉各2千克，石灰粉1.5千克，尿素0.8千克，保成功3袋，食用菌三维营养精素（拌料型）1袋。
猴头菇：栽培原料以木屑、棉子壳等为主。基本配方：木屑205千克，麦麸25千克，豆饼粉20千克，过磷酸钙5千克，石膏粉4千克，碳酸钙4千克，磷酸二氢钾1.5千克，尿素0.6千克，保成功3袋，食用菌三维营养精素（拌料型）1袋。以棉子壳为主时，可减少或去掉豆饼粉。
　　姬菇：多采用棉子壳、玉米心等为主要原料，也可采用其他秸秆类。基本配方：棉子壳250千克，过磷酸钙5千克，石膏粉4千克，尿素0.7千克，三维精素（拌料型）1袋；或玉米心220千克，麦麸30千克，石灰粉10千克（上述进行发酵），过磷酸钙5千克，石膏粉5千克，尿素1千克，三维精素（拌料型）1～2袋。建有沼气池的，可在配方中加入沼渣50～100千克。
　　柳松菇：由于菌种经分离、驯化，适应性越来越广，生产中可适应大多阔叶树种的木屑，棉子壳栽培的效果也较好。基本配方：木屑225千克，麦麸25千克，过磷酸钙5千克，尿素1千克，石灰粉4千克，石膏粉4千克，保成功3袋，食用菌三维营养精素1袋。或者棉子壳150千克，木屑80千克，麦麸20千克，过磷酸钙4千克，尿素0.8千克，石灰粉2千克，石膏粉4千克，保成功3袋，食用菌三维营养精素1袋。
　　茶薪菇：茶新菇，又名茶树菇，栽培原料广泛，棉子壳、杂木屑以及玉米心、棉秆粉等硬质秸秆均可。基本配方：棉子壳120千克，木屑80千克，麸皮、玉米粉各22千克，饼肥6千克，石灰粉4千克，石膏2.5千克，蔗糖1千克，磷酸二氧钾1千克，硫酸镁0.5千克，保成功3袋，食用菌三维营养精素（拌料型）1袋。使用木屑栽培的配方：木屑200千克，麸皮44千克，饼肥6千克，石灰粉5千克，石膏粉5千克，蔗糖2千克，碳酸钙2千克，保成功3袋，食用菌三维营养精素（拌料型）1袋。